故事二，在蔡元培时代。京师大学堂改北京大学后，徐崇钦任教授兼预科学长，并出任中国环球学生会书记、欧美同学会理事等职，由于徐对社会和教育事业的功绩，中华民国临时政府大总统授予其嘉禾勋章一枚。蔡元培聘陈独秀任文科学长后，第一次开各科学长会议，北大旧人徐崇钦率先发难：“身为文科学长居然可以不开课，岂非天下奇闻？究竟是开不出课还是不敢开课？如大学可以这样办，那我的预科也可以宣布独立，我也可以来办一所预科大学！”此事导致陈独秀大怒，后经蔡反复劝解，始平息。后来涉及徐崇钦的事件，集中在预科的拆分设置上。1922年7月3日胡适日记曾记：“当日北大建筑今之第一院时，胡仁源、徐崇钦、沈尹默皆同谋。后来尹默又反怨徐、胡两人；及蔡先生来校，尹默遂与夏元瑮联合，废工科以去胡，分预科以去徐。”统一的预科撤销分拆，预科学长徐崇钦不满是自然的，陈独秀趁机秋后算账，主张开除徐崇钦，蔡元培则不计前嫌，公允评价贡献，最终给徐崇钦留了个位置。1927年南京国民政府成立后，长期拖欠北平各大学教育经费，遂使教职工薪金积欠甚多，导致生活困难，课业难以为继。徐崇钦与同人组成北平大学教职员工联合会并任主席，南北奔走，几经交涉始解决北平院校经费问题。
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